運費增值税税率是9%。一般納税人適用的税率有：13%、9%、6%、0%。適用13%税率：銷售或進口貨物，提供加工、修理修配勞務，提供有形動產租賃服務。適用9%税率：交通運輸、郵政、基礎電信、建築、不動產租賃服務、銷售不動產、轉讓土地使用權等。
拓展：
小規模納税人提供應税服務，增值税徵收率為3%。
1、取得運輸業增值税專用發票的，抵扣11%。
2、取得的是普通運輸發票的7%。
3、營改增之後就沒有7%的抵扣税率了。增值税政策規定，一般納税人的進項税額才能進行抵扣。不論工業、商業均可按照運輸費（含鐵路的兩金收費，但是不含搬運、儲藏費等）抵扣7%的增值税。
1、運輸單位提供運輸勞務自行開具的運輸業統一發票；
2、由“自開票納税人”開具的運輸業統一發票；所謂的“自開票納税人，是指符合規定條件，向主管地税局申請領購併自行開具貨物運輸業發票的納税人。”
3、由“代開票納税人”開具的運輸業統一發票；所謂的“代開票納税人，是指除自開票納税人以外的需由代開票單位代開貨物運輸業發票的單位和個人。”是指主管地税局。
以上所稱代開票單位是指主管地税局。經省級地税局批准也可以委託中介機構代開貨物運輸業發票。
4、運輸單位主管地方税務局及省地方税務局委託的代發票中介機構為運輸單位和個人代開的運輸發票（包括地方税務局代開部份）准予抵扣；
5、被認定為自開票納税人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸發票也准予計算抵扣進項税額。《國家税務總局關於加強貨物運輸業税收徵收管理的通知》。
6、其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發票一律不得抵扣。
