請假扣工齡工資的問題得分情況進行區分，國家規定的法定假日內請假不扣工齡工資，工作日超過公司規定請假天數可扣工齡工資。病假按日工齡工資減半，事假不發工齡工資。加班工資按原工資1.5倍計發，休息日加班工資為2倍，節日加班工資為3倍，不能以補休代替。工齡計算可採用連續計算法、合併計算法和工齡折算法。有爭議可申請勞動局仲裁或起訴。
法律分析
對請假扣工齡工資的問題得分情況進行區分，也就是説，如果職工是在國家規定的法定假日內請假時，是不能扣工齡工資的，但是，如果職工在工作日超過公司自身規定的請假的天數時，是允許扣工齡工資的。病假按日工齡工資減半算，事假不發工齡工資。國家法定節假日是不扣工齡工資的，加點工資———1.5倍。原則上，每天工作時間為8小時，如果確實需要延長的，一般每日不應超過1小時，特殊情況下不超過3小時，且每月的加班總時不應超多36小時。加點工資按照原工資的1.5倍計發。休息日加班工資———2倍。企業安排員工在休息日工作的應按照不低於勞動者本人日工資2倍的標準支付加班工資。但企業也可以另行安排員工補休替代加班工資。節日工資———3倍。企業安排在法定節日加班的，應按不低於勞動者本人日工資的3倍的標準支付加班工資。用人單位在法定節假日安排勞動者工作，不能以安排補休代替加班工資。
1、連續計算法，也叫工齡連續計算。例如，某職工從甲單位調到乙單位工作，其在甲、乙兩個單位的工作時間應不間斷地計算為連續工齡。如果職工被錯誤處理，後經複查、平反，其受錯誤處理的時間可與錯誤處理前連續計算工齡的時間和平反後的工作時間，連續計算為連續工齡。
2、合併計算法，也叫合併計算連續工齡。是指職工的工作經歷中，一般非本人主觀原因間斷了一段時間，把這段間斷的時間扣除，間斷前後兩段工作時間合併計算。如精簡退職的工人和職員，退職前和重新參加工作後的連續工作時間可合併計算。
3、工齡折算法。從事特殊工種和特殊工作環境工作的工人，連續工齡可進行折算。如井下礦工或固定在華氏32度以下的低温工作場所或在華氏100度以上的高温工作場所工作的職工，計算其連續工齡時，每在此種場所工作一年，可作一年零三個月計算。在提煉或製造鉛、汞、砒、磷、酸的工業中以及化學、兵工等工業中，直接從事有害身體健康工作的職工，在計算其連續工齡時，每從事此種工作一年，作一年零六個月計算。有爭議，可以申請當地的勞動局申請仲裁，仲裁無果可以起訴。
結語
根據國家規定的法定假日內請假，不應扣除工齡工資；超過公司規定請假天數的工作日，可以扣除工齡工資；病假按日工齡工資減半計算，事假不發工齡工資；國家法定節假日加班應支付加點工資1.5倍；每日加班不應超過1小時，特殊情況下不超過3小時，每月加班總時不應超過36小時，加班工資按原工資的1.5倍計發；休息日加班工資為2倍；法定節日加班工資為3倍；工齡計算可採用連續計算法、合併計算法或工齡折算法。如有爭議，可申請勞動局仲裁或提起訴訟。
法律依據
中華人民共和國社會保險法：第十一章 法 律 責 任 第八十五條 用人單位拒不出具終止或者解除勞動關係證明的，依照《中華人民共和國勞動合同法》的規定處理。
中華人民共和國勞動合同法（2012修正）：第八章 附則 第九十六條 【事業單位聘用制勞動合同的法律適用】事業單位與實行聘用制的工作人員訂立、履行、變更、解除或者終止勞動合同，法律、行政法規或者國務院另有規定的，依照其規定；未作規定的，依照本法有關規定執行。
中華人民共和國就業促進法（2015修正）：第八章 法律責任 第六十一條 違反本法規定，勞動行政等有關部門及其工作人員濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分。
