1、清洗菩提子的時候，首先將其放在温熱水中浸泡幾個小時，將手串拉平後，用鋼絲刷以垂直的角度平刷。之後換水浸泡，用手在水裏用力的攪拌，將其晾乾後，再用豬毛刷幹刷幾次，以達到深度清潔的效果。
2、清洗菩提子的時候，由於它的紋路分佈不均勻且較深，最好先將其放在温度為30度的水裏浸泡幾個小時，以軟化裏面的殘渣碎屑，如果是菩提子手串的話，不需要解開繩子，待它慢慢的沉到水底就不用理會。
3、之後用鋼絲刷將菩提子仔細刷洗乾淨，還要保證每個部位都能被刷到，主要以垂直的角度平刷，刷的時候不宜用力過大，之後將其撈起來放在乾淨的毛巾上，用手指仔細的揉搓，將裏面的污垢清理乾淨。
4、當刷完後，將菩提子重新放在乾淨的清水裏浸泡，用手在裏面使勁的攪拌，將刷下來的渣滓洗出來，之後將其擦洗乾淨，放在陰涼的環境中晾乾，等它完全乾燥後，再用豬毛刷重新干刷幾次即可。
