1、浸泡：在清洗菩提子的時候，先將買來的菩提子放在温熱水中浸泡1～2個小時，這樣能軟化裏面的果肉和外皮，以便於清理，還能將顏色不一致或者浮在水面的菩提子篩選出來，以免影響盤玩的效果，同時不可在水里加入任何的清潔劑。
2、平刷：待浸泡完畢後，用鋼絲刷仔細清洗每個部位，主要以垂直的角度平刷，也不能胡亂刷，最好沿着上面的紋路刷洗，以免造成開裂的現象，由於鋼絲刷堅硬且細密，這樣對錶面還能形成打磨的效果，再用鈎針將裏面的污垢清理出來。
3、重刷：之後將其放在清水中浸泡半個小時左右，用手在水裏面不停的攪拌，將裏面的殘渣洗出來，再將其撈起來擦乾水分，放在陰涼的背光處晾乾，等它完全乾燥後用豬毛刷重新干刷幾次，以助於更快的形成包漿。
