1、對於每一個發酵過程而言，污染的雜菌種類的影響是不同的。如在抗生素的發酵過程中，青黴素的發酵污染細短產氣桿菌比粗大桿菌的危害更大；鏈黴素的發酵污染細短桿菌、假單胞桿菌和產氣桿菌比污染粗大桿菌更有危害；四環素的發酵過程最怕污染雙球菌、芽孢桿菌和夾膜桿菌；檸檬酸的發酵最怕青黴菌的污染；穀氨酸發酵最怕噬菌體污染。
2、因噬菌體蔓延迅速，難以防治，容易造成連續污染。若污染的雜菌是耐熱的芽孢桿菌，可能是由於培養基或設備滅菌不徹底、設備存在死角等引起；若污染的是球菌、無芽孢桿菌等不耐熱雜菌，可能是
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