從工資扣工會費不合法，這屬於剋扣員工工資。單位只能從員工工資里扣除以下費用：
一、用人單位代扣代繳的個人所得税；
二、用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；
三、法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費；
四、法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
一、公司可以在什麼情況扣工資?
(1)用人單位代扣代繳的個人所得税。
(2)用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用。
(3)法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費。
(4)法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除
但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除後的剩餘工資部分低於當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
二、扣發工資是什麼意思
扣發工資是指員工違反公司規章制度，而進行的處罰，每月扣發的金額不得超過月工資的百分之二十。
用人單位扣發工資可以分為有理由，也就是合法的扣發工資，也可能是無故扣發職工工資，在這樣的情況下就需要承擔一定的責任。用人單位根據本單位的生產經營特點和經濟效益，依法自主確定本單位的工資分配方式和工資水平。
有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：
1、用人單位代扣代繳的個人所得税；
2、用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；
3、法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費；
4、法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
三、公司能不能扣掉員工工資
公司能因員工的過錯扣員工的工資，但是不能剋扣工資。並且有下列情況之一的，公司可以代扣：法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費；用人單位代扣代繳的個人所得税；用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；其他費用。
【本文關聯的相關法律依據】
《勞動法》第五十條，工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得剋扣或者無故拖欠勞動者的工資。
