1、室內發菌，接種後的金針菇菌袋，宜放置於 20℃恆温的培養室發菌培育，約經25天至30天，菌絲可長滿袋。
2、搔菌催蕾，菌絲滿袋後，室內發菌培養階段已告結束，就要及時將菌袋搬到栽培室進行栽培管理，先將棉花塞和套環去掉，把塑料袋拉直成原來的圓筒狀，然後進行搔菌處理，就是將培養料表面的菌種塊老菌絲扒掉，並輕輕地在表面搔菌，這樣讓新菌絲露出來接觸新鮮空氣後，更快促進菇蕾整齊發生。
3、搔菌後，袋口要用報紙或紗布覆蓋，然後少量噴水，保持濕潤即可，用紗布覆蓋，可將整塊布放於清水中浸濕稍擰乾後拉平覆蓋保濕。
4、現蕾出菇後的管理 現蕾之後，要增加通風量降低室温，金針菇發生的適宜温度為 10℃至 18℃,以 5℃至 8℃長的菇質量為好，所以室温不宜超過 20℃,4℃以下又很難現蕾。這一階段的空氣相對濕度應掌握在 90%左右，噴水於報紙之上或地面四周空間噴霧，不可直接噴水於菇面上，切忌高温高濕，報紙或紗布等覆蓋物應經常翻動，增加通風量，促進子實體生長。
5、袋式栽培金針菇一般以棉籽殼為培養基地可收3次至4批菇，從搔菌催蕾至第一批菇發生約需1個星期左右，從菇蕾期到採收約2個星期左右。
6、第一批採收結束至第二批菇類出現約需8天氣10天，第二批現蕾至採收約10天氣12天，第二批至第三批間隔8天左右，出菇至採收也為8天左右，整個栽培週期約需3個月，每袋裝乾料500克可產鮮菇400克至500克。
7、木屑等培養基栽培週期為2個月左右，採收2批至3批，每袋裝乾料350克至450克，產菇250克至350克。
