1、證書性質不同：註冊會計師是審計行業未來升職的一個憑證，初級會計師是會計行業的入門證書。註冊會計師屬於資格類證書，而初級會計師就屬於職稱類證書。
2、就業方向不同：註冊會計師從事的是審計行業，初級會計師從事的是會計行業。初級會計師只能做賬，註冊會計師既能做賬又能審計。
3、報考條件不同：註冊會計師報考要求是具有高等專科以上學校畢業學歷，或者是具有會計或相關專業中級以上技術職稱的人員才能報考。初級會計考試報考的要求是具備國家教育部門認可的高中(中專)畢業以上學歷。
4、考試難度不同：註冊會計師考試有專業階段和綜合階段，需要先在連續5個考試年度內通過專業階段6門考試科目後，再來報考綜合階段。初級會計職稱的考試科目為初級會計實務和經濟法基礎，要求考生一次通過考試。
總結
註冊會計師和初級會計師區別在於證書性質、就業方向、報考條件和考試難度不同。
