一、磷酸是一種獨立存在的物質；二、磷酸基團是通過化學鍵連接在其他物質上時的磷酸，磷酸基團是不能獨立存在的；三、dna與atp中叫法不同是因為：dna穩定，磷酸一直存在於dna上，只有一種形態，稱之為磷酸即可（磷酸基團）；四、atp不穩定，磷酸易水解，這時磷酸基團就會變成磷酸。
磷酸是一種獨立存在的物質，可以和金屬反應，一般用於製備其它酸；而磷酸基團是通過化學鍵連接在其他物質上時的磷酸，是不能獨立存在的，但其具有很強的配合能力，能與許多金屬離子生成可溶性的配合物。
正磷酸是由一個單一的磷氧四面體構成的磷酸。在磷酸分子中P原子是sp3雜化的，3個雜化軌道與氧原子間形成3個σ鍵，另一個P—O鍵是由一個從磷到氧的σ配鍵和兩個由氧到磷的d-pπ鍵組成的。σ配鍵是磷原子上的一對孤對電子向氧原子的空軌道配位而形成。
d←p配鍵是氧原子的py、pz軌道上的兩對孤對電子和磷原子的dxz、dyz空軌道重疊而成。由於磷原子3d能級比氧原子的2p能級能量高很多，組成的分子軌道不是很有效的，所以P—O鍵從數目上來看是三重鍵，但從鍵能和鍵長來看是介於單鍵和雙鍵之間。
