1、微波食品產生致癌化合物。曾有研究表明，微波過的肉類會產生致癌物；牛奶、水果、麥片中的氨基酸也會在微波後轉化為致癌物；蔬菜中的植物生物鹼同樣會在微波後轉化成致癌物危害我們健康。
2、食物營養嚴重流失。經過微波爐加熱後，食物中的礦物質、維生素、生化酶等大量流失；另外食物在經過微波加熱後，還會使得食物的口感變差；
3、易產生用電事故。在加熱過程中不小心碰到，燙傷程度會比普通開水燙傷更嚴重；如果放入爐內的鐵、鋁、不鏽鋼、搪瓷等金屬器皿，微波爐在加熱時會與之產生電火花並反射微波，既損傷爐體又做不熟食物，嚴重的還容易引發火災。
