1、新鮮的芡實在常温下最多隻能保存3~4個小時，這是因為芡實在在撥開後有很多水分，放在常温下，會蒸發水分，產生變色並且發出餿味。所以最好的方法是將不用的新鮮芡實放到冰箱冷藏室冰凍起來。把新鮮芡實放入封口袋中，加入適量的水，封好。放入冰箱中冷凍起來。下次用的時候解凍出來還是新鮮的。沒有剝殼的就放在冷藏箱但不能放久了，七天沒有問題。
2、幹芡實的保存方法。首先應將芡實芡實放在陰涼、乾燥、通風較好的地方。另外，因芡實含有豐富的澱粉,在貯藏過程中有受到蟲蛀的風險。可以在曬乾的幹芡實中加入幾瓣生大蒜防蟲害。一般是每千克芡實放入8~10瓣生大蒜，與芡實拌勻後裝入缸內蓋嚴，這樣可以保持芡實在一至兩年內不受蟲蛀，這是比較好的保存方法。
