對於合夥企業對外投資取得的股息紅利所得，不併入企業的收入，應作為合夥人取得的股息紅利，單獨納税。合夥人為自然人，“按‘利息、股息、紅利所得’應税項目計算繳納個人所得税”（國税函[2001]84號）；合夥人為法人，取得的股息紅利由於不屬於“居民企業直接投資於其他居民企業取得的投資收益”，因此不能享受居民企業之間的股息紅利免徵企業所得税政策，應併入法人合夥人當期應納税所得額，繳納企業所得税。
合夥企業以每一個合夥人為納税義務人。但對合夥企業而言，被穿透的只是所得税。對於流轉税而言，合夥企業仍然是納税主體。財税[2016]36號文第一條規定，“在中華人民共和國境內銷售服務、無形資產或者不動產(以下稱應税行為)的單位和個人，應當按照本辦法繳納增值税。”因此合夥企業屬於增值税的納税主體，其生產經營所得應對照適用税率繳納增值税。
