1、蓋板不適用所有座便器。雖然座便器蓋集智能、人性化、科技感、設計感於一身，但並不是所有的座便器都適用。目前主流智能座便器蓋產品均面向圓弧形座便器，而與方形座便器配套的蓋板比較罕見。其次，智能座便器蓋對水箱到便座前端距離、安裝孔間距離等具有限制，如果消費者家用的尺寸超出了所允許的區間範圍，則無法順利安裝智能座便器蓋，這意味着要麼更換座便器、要麼無法使用。
2、費用高。智能座便器蓋作為電器產品，其內部電機和集成電路等具有較高的科技含量，因此前期一次性投入成本較高，出售價格相對較高。另外超出了保修期限的智能座便器蓋，一旦出現問題則意味着消費者要自費進行修理，如果產品需要更換核心部件，也意味着一筆不菲的支出。
3、老人、兒童難操作。智能座便器蓋的一側往往配有一個按鈕繁多的操作面板，或是配有一支按鈕更為繁多的遙控器。這就無疑為老人、兒童增加了操作難度。如果誤操作，也許無法順利達到噴水、加熱、除臭等效果，甚至還可能造成產品本身電路故障。
不過智能馬桶一般都會有自潔功能，在每次使用完成後，會自動清除馬桶上的污垢，這是非常好的優點。
