1、在母甲魚生蛋後，接下來的繁殖過程就是孵化。甲魚蛋的孵化有兩種方式。其中一種是自然孵化，也就是母甲魚自發進行的一種孵化方式，野生的甲魚一般採用這種方式繁殖。不過，由於甲魚處於野外的環境中，周圍環境中的温度等因素都無法進行調節，因此採用這種方式繁殖有時候成功率並不是特別高。
2、另一種方式就是人工孵化的方式，若是人工飼養的甲魚，則一般採用這種方式來孵化。可以先準備一個孵化箱，可以用塑料的孵化箱，也可以用杉木的孵化箱，裏面可以鋪上一些沙子或者海綿，不過這些東西不宜太多。調節温度是一個十分重要的任務，只有温度適宜，才能有效縮短孵化的時間，同時提高孵化的成功概率。
