兩者各有特色。
電子信息工程專業是一門應用計算機等現代化技術進行電子信息控制和信息處理的學科，主要研究信息的獲取與處理，電子設備與信息系統的設計、開發、應用和集成。電子信息工程專業主要是學習基本電路知識，並掌握用計算機等處理信息的方法。
自動化專業是以自動控制理論為主要理論基礎，以電子技術、計算機信息技術、傳感器與檢測技術等為主要技術手段，對各種自動化裝置和系統實施控制。該專業是將計算機硬件與軟件結合、機械與電子結合、元件與系統結合、運行與製造結合、集控制科學、計算機技術、電子技術和機械工程為一體的綜合性學科專業。
