1、劇情不同。《寵物小精靈黑白》遊戲的主角是一位剛踏上游歷合眾之旅，夢想成為寵物小精靈大師的年輕人。遊戲最初，玩家會在紅豆杉博士提供的初學者寵物小精靈藤藤蛇，暖暖豬和水水獺中選擇一隻作為自己的搭檔。遊戲的主要目的是收集合眾地方的八枚道館徽章，最終挑戰聯盟的四天王和冠軍以通關。《寵物小精靈黑白2》玩家同勁敵自合眾地方的西側檜扇市開始旅行，自白露處領取他們的初學者寵物小精靈。與其他寵物小精靈主系列遊戲相同，玩家遊歷整個地區，挑戰道館訓練家們以集齊八個道館徽章，並前往挑戰聯盟的四天王與冠軍。
2、發行時間不同。《寵物小精靈黑白》遊戲最初於2010年9月18日在日本發行，之後於2011年3月在歐洲、北美和澳大利亞發行。《寵物小精靈黑白2》於2012年6月23日發行於日本任天堂DS平台，北美、歐洲和澳洲則於2012年10月發售。
