1、學生的管理機構不同。自考是各級自考辦公室，專升本是院校。
2、證書的頒發機構不同。自考是高等教育自學考試委員會，專升本是院校。
3、學制不同。專升本有學制，自考沒有學制。
4、學習方式不同。專升本是在校全日制學習，自考是自己安排時間，其中全天學習的那種叫做自考助學班。自考專升本是自考性質的本科，即獨立本科段。自考專升本一般稱為專套本，因為其學習形式自由，報考時間和專業不受限制，學習形式主要是業餘時間自學。
5、入學方式不同。專升本有專升本考試，自考沒有入學考試。
6、畢業方式不同。專升本通過入學考試後，一般畢業都沒有問題，自考則是必須一門一門考，所有科目合格才可以畢業。
