1、根莖的貯藏保鮮：在入秋後植株的莖葉枯黃，可將根莖從泥中挖出，然後把它們按照不同品種歸類、分組後進行貯藏。需要注意的是，睡蓮是水生植物，因此操作要迅速，不要使根莖失水，否則新芽會受到傷害。可將已處理好的根莖置於相對濕度為95%至100%、温度為4℃至6℃的環境中保存。通常在上述條件下睡蓮根莖可貯藏110天至120 天。
2、切花的貯藏保鮮：當花蕾充分透色時採收，操作最好在上午氣温較低時進行。採後切花先暫放在無日光直射之處，儘快預冷處理，採收後還要進行分級。將相同等級、品種的睡蓮帶梗花朵每20支用1個塑料袋進行包裝，然後分別碼入標有品名、具透氣孔襯膜的瓦楞紙箱中，置於相對濕度為90%至95%、温度5℃至6℃的環境中貯藏，通常能存放一兩天。運輸時，睡蓮僅可短期幹藏，開箱後需馬上將其插入水中。
