1、選種抗病冬瓜品種，並與非瓜類作物輪作。
2、採用覆蓋地膜、滴灌技術；定植後至結瓜期控制澆水十分重要。
3、冬瓜種子用50%多菌靈可濕性粉劑 500倍液浸種30分鐘後，洗淨催芽；或用種子重量0.3%的50%多菌靈可濕性粉劑 拌種。
4、棚室栽培要注意温濕度管理，採用放風排濕、控制灌水等措施降低棚內濕度，減少葉面結露，抑制病菌萌發和侵入，白天控温28～30℃，夜間15℃，相對濕度低於90%。中温低濕棚，平均温度21～25℃，控制大棚濕度高於90%不超過8小時。
5、在黑星病發病初期噴施藥劑防治，藥劑可用：80%多菌靈可濕性粉劑600倍液、或40%氟硅唑乳油8000～10000倍液、或80%敵菌丹可濕性粉劑500倍液、或36%甲基硫菌靈懸浮劑500倍液、或50%苯菌靈可濕性粉劑1500倍液，隔7～10天噴1次，連續3～4次。
