1、地理位置的區別：温州站位於温州市鹿城區温州大道。是浙江金温鐵道開發有限公司直屬的“金温鐵路”上的一等客運站。温州南站位於浙江省温州市甌海區甌海大道，為隸屬於中國鐵路上海局集團有限公司寧波車務段的客運一等站。
2、建站規模的區別：温州站車站佔地面積15萬平方米，主站房建築面積3.6萬平方米 ，擁有近6.5萬平方米的站前廣場。温州南站總用地面積190368平方米，其中站房面積71209平方米，第一候車室面積為1.1萬平方米，第二候車室佔地約4200平方米（2016年5月數據）。温州南站擁有天橋1座，地道1座，其中天橋寬15米，採用通透式玻璃牆和頂棚；雨棚採用無柱雨棚。
3、開行路線的區別温州站：1998年6月開站以來，每日開行從温州到成都東站、哈爾濱、北京、廣州、漢口、貴陽站、南昌、南京站、阜陽、鎮江、亳州、上海、杭州、金華等地16對列車，2016年5月16日起，温州火車站新開通一對温州至青島的快速旅客列車。
