蘋果6s能升級13.4系統，但不建議升級，新系統增加的功能雖然較多，但系統和硬件不兼容，都容易造成卡頓、死機的情況。
北京時間2015年9月10日發佈iPhone 6S Plus。除了原有的 金色， 銀色，深空灰並推出 玫瑰金（粉色），屏幕採用高強度的Ion-X玻璃，處理器採用A9+M9處理器，CPU性能比A8提升70%，圖形性能提升90%，後置攝像頭1200萬像素，前置攝像頭500萬像素。攝像頭對焦更加準確，CMOS為了降噪採用“深槽隔離”技術，支持4K視頻攝錄。數據連接方面，支持23個頻段的LTE網絡，和2倍速度的WIFI連接。2015年9月25日發售。
2018年12月10日，高通公司宣佈，在與蘋果的兩項專利糾紛案中獲勝，中國福州中級人民法院初步裁定，禁止蘋果公司在中國市場進口和銷售包括iPhone 6S Plus在內的多款型號手機。
