榴蓮打開後將柔軟的果肉取出來，用保鮮膜將剝出來的果肉一塊一塊分別包裹好，再裝入保鮮盒或塑料袋中封好，放入冰箱的冷凍室內冷凍，每次食用時取出一塊解凍即可，味道和新鮮的一樣。吃榴蓮的時候最好吃一瓣開一瓣其它的不要掰開。如果榴蓮肉沒有吃完可以用報紙連果殼一起包住，放在陰涼的地方或者冰箱冷藏室內。這樣的保存一般可以保鮮三天左右。到吃的時候如果聞到酸味或者酒味，就説明不能再吃了。
冷凍榴蓮是最常見也最受歡迎的榴蓮保存方式。將果肉剝出，放在密封的保鮮盒或者用保鮮袋裝好放入冰箱冷凍。這樣能保存半年左右，吃時取出所需果肉稍微解凍，有雪糕的口感和風味。一般冷凍一個月為好，保存時間長口感會變差。
剝出來的肉是可以在冰箱多放幾天的。榴蓮具有後熟性質應將其放在陰涼處保存，成熟後的果實會裂開，這時可將果肉取出放入保鮮袋後於冰箱裏保存，冰鎮後會具有雪糕的口感。只要把榴蓮用保鮮紙袋封好紮緊就不會在冰箱中串味。通常用飯盒封好，套了保鮮袋才放入的。
