網站結構設計一般採用的是層次樹結構。網站結構設計是網站設計的重要組成部分。在內容設計完成之後，網站的目標及內容主題等有關問題已經確定。
網站結構設計是網站設計的重要組成部分。在內容設計完成之後，網站的目標及內容主題等有關問題已經確定。結構設計要做的事情就是如何將內容劃分為清晰合理的層次體系，比如欄目的劃分及其關係、網頁的層次及其關係、鏈接的路徑設置、功能在網頁上的分配等等，以上這些都僅僅是前台結構設計，而前台結構設計的實現需要強大的後台支撐，後台也應有良好的結構設計以保證前台結構設計的實現。顯然網站的結構設計是體現內容設計與創意設計的關鍵環節。
網站物理結構，就是指網站的實際目錄結構，網站物理結構，分為網站扁平結構和網站樹形結構。 扁平結構：扁平結構的網站，就是指所有的網頁都在根目錄下。多用於建設一些中小型企業網站。優點：有利於搜索引擎抓取。缺點：內容雜亂，用户體驗不好。
