1、二價和四價HPV疫苗區別主要在於預防HPV亞型不同。二價疫苗主要預防HPV16、18感染，而四價疫苗預防HPV16、18、6、11亞型感染。HPV16、18感染主要與宮頸癌和癌前病變相關，而HPV6、11亞型感染主要與尖鋭濕疣相關。所以，四價疫苗不僅可預防一定程度的宮頸癌和癌前病變，還可預防尖鋭濕疣的發生。
2、HPV有一兩百種亞型，分高中低危型。其中高危型包括16型和18型在內共14種，宮頸癌主要是它們造成的。還有若干中低危型。HPV疫苗除了預防宮頸癌，還能預防外陰癌、陰道癌、肛門癌、口腔癌、陰莖癌等惡性腫瘤及其癌前病變，以及生殖器濕疣等皮膚病。
