區別是石鐘乳是自上而下的生長，石筍是自下而上的生長，石鐘乳生長在洞頂，而石筍生長在洞底。石筍可以有不同的形狀，水滴的流量、滴水的高度以及地面的狀況均會影響石筍的形狀。鐘乳石的形成往往需要上萬年或幾十萬年時間。由於形成時間漫長，鐘乳石對遠古地質考察有着重要的研究價值。
二者的形成是碳酸鈣遇到溶有二氧化碳的水時，會反應生成溶解性較大的碳酸氫鈣，溶有碳酸氫鈣的水遇熱或當壓強突然變小時，溶解在水裏的碳酸氫鈣就會分解，重新生成碳酸鈣沉積下來，同時放出二氧化碳。洞頂的水在慢慢向下滲漏時，水中的碳酸氫鈣發生上述反應，有的沉積在洞頂，有的沉積在洞底，日久天長洞頂的形成石鐘乳，洞底的形成石筍。或是另一種可能，石峯底座，由於地史時期地下水的長期溶蝕，河水的長期衝擊，漸漸地形成了溶洞。溶洞繼續被溶蝕擴大，而溶於水中的石灰巖溶液，從洞頂往下滴，甚至往下流，促進二氧化碳進一步擴散，同時溶液受蒸發作用，形成飽和，剩餘的碳酸氫鈣沉澱，就形成了石筍，石鐘乳。
石筍是由於含碳酸的水不斷點滴到一處，碳酸鈣沉澱而形成的。可以有不同的形狀，水滴的流量、滴水的高度以及地面的狀況均會影響石筍的形狀。除了特別乾旱的年份，洞頂不再往下滴水外，石筍一般每年都會生長。隨着季節的變化，洞頂滴下的水裏面含的物質成分不同，這樣一來，與樹木形成的樹輪一樣，石筍也會形成自己的年輪，通過年輪還可以數出石筍的年齡。
