形而上學指對世界本質的研究，即研究一切存在者，一切現象（尤其指抽象概念）的原因及本源。最早由亞里士多德所構建，稱其為“第一哲學”、“第一科學”。
其目的在於確定事物的真實本質，也就是確定存在物的意義、結構和原理。
形而上學的主要問題包括：超自然世界的本原是什麼，靈魂是否存在，自由意志等。
形而上學，是原始哲學的一個門類，指對不可證明的無形世界本質的猜測，我們常説的“孤立、靜止、片面的觀點觀察事物的思維方式”是它後來的引申義。它是一種研究存在的本體論體系，其理論原則是柏拉圖的;世界二重化。 13世紀起被作為哲學名詞，用以指研究超經驗的東西（靈魂、意志自由等）的學問。
在現代科學發軔之前，科學問題被當做哲學的一部分來研究，被稱為自然哲學。術語“science”（科學，拉丁語為scientia）原本只有“knowledge”（知識）的意思。然而，隨着科學方法的廣泛運用，自然哲學逐漸轉變為了一種源於實驗和數學的可靠方法體系，與哲學的其他領域分道揚鑣。到了十八世紀末，它開始被稱為“科學”以示其與哲學的區別。
從認識論基礎上來看，形而上學類似於基礎數學，也是非經驗性的，對於不能直接透過感知所得到答案的問題， 它在先驗條件假設（類似於數學公理）下， 通過理性的分析和縝密的邏輯思維來推演出答案, 並且不能有矛盾。所以，基礎數學常被認為是形而上學應用於數字存在情況下的特例。
形而上學歷史上為神學服務的只是其中一個應用。關於形而上學與神學的關係，哲學家薩特説：儘管萊布尼茲肯定上帝的存在，而我否定其存在， 但他並不比我更能稱得上是形而上學哲學家。
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