阿壩縣的海拔高平均為3290米。阿壩縣地勢由西北向東南傾斜，西北年波也則山平均海拔4900米以上，境內最高峯5154米，終年積雪；北以鵝持下仍山為天然屏障；東南部查理鄉境內有阿依拉山；北部和東部是廣闊的高原淺丘草地；西部和中部為深丘狀草地，逐漸向南部高山峽谷林區過渡；高度由海拔5141朱遞減到2936米。
阿壩縣境屬高原寒温帶半濕潤季風氣候，春秋相連，於雨季分明。年均降水量712毫米，濕季（5—10月）降水集中，佔全年的89.6%。年平均氣温3.3℃，日照充足，晝夜温差大，全年無絕對無霜期，相對無霜期33天。
