軟件著作權兩年不予登記的原因是：
一、申請表存在缺陷：
1、軟件全稱不規範；
2、程式語言、軟件環境、硬件環境、代碼量、功能和技術特點有錯誤；
3、開發方式有誤；
4、著作權人信息填寫有錯誤等。
二、提交的源程序鑑別材料有缺陷：
1、格式是否符合中心要求；
2、程序中出現與申請人無關的他人信息；
3、申請人提供了圖形程序等。
三、提交的手冊鑑別材料有缺陷：
1、格式是否符合中心要求；
2、程序中出現與申請人無關的他人信息等。
四、其他材料有缺陷：
1、是否正確提供了非職務軟件證明材料；
2、是否正確提供了LINUX申明；
3、是否正確提供了合作開發協議等。
軟件著作權登記過程中，一旦上述材料提交有誤，都可能最終影響材料的順利受理，進而會發出補正通知書，要求申請人進行説明修改，在此期間，該材料會暫時不予受理。
