進入軟件genetank窗口file---new----DNA sequence進入序列輸入版塊control+v輸入序列改變序列選擇AS菜單 進入primer引物設計進入search點OK系統自引物 選需要（評）要克隆基則primer菜單手設計
Premier 的主要功能分四大塊，其中有三種功能較常用，即引物設計（primer），酶切點分析( enzyme)，基元查找( motif)。該軟件還有別的一些功能，如序列”朗讀”，DNA 與蛋白序列的互換（protein），發聲提示鍵盤輸入等，但其中最優秀的卻是能設計簡併引物。下面介紹用primer premier5.0軟件設計引物序列的方法。
方法
Premier 軟件的起動並打開一段序列後，界面如圖所示。其主要功能在主界面上一目瞭然（按鈕功能如上述）。酶切點分析及基元查找功能比較簡單，點擊該功能按鈕後，選擇相應的酶或基元（如-10 序列，-35 序列等），按“確定”即可。常見的酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新酶或基元。
打開primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特異序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers，Pairs—— 設定Sense primer和Antisense primer的範圍及PCR產物大小範圍——設定引物長度（primer length）——Automatic——OK——Search com
進行引物設計時，點擊“primer”按鈕，界面如圖所示。
如果你要擴展的基因已經測序完成，你在網上找到序列，輸入primer5，然後點primer就可以了，然後你可以手動或自動更改，知道達到的你的要求。 如果你擴增的基因還未測序完成，你只能通過別人克隆出來的相關基因設計引物，方法同上
進一步點擊“search”按鈕，出現 search criteria 窗口，有多種參數以調整。搜索目的（Seach For）有三種選項，PCR 引物（PCR Primers），測序引物（Sequencing Primers），雜
設計好後，點左上角的“edit”，再點“copy”，然後選擇正向引物或反向引物，點擊後就已經複製到剪切板裏了。然後打開word、txt或者exel文件，直接ctrl+V粘貼即可。 ————————————————————————save to database是存入了PP5自己的數據庫中。
交探針（Hybridization Probes）。搜索類型(Search Type)可選擇上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer）都分別查找(Both)，或者成對查找（Pairs），或者分別以適合上、下游引物為主
引物設計是PCR技術中至關重要的一環，專門進行引物設計的商業軟如件Oligo 6和Primer Premier 5.0功能強大，但使用起來不容易。在生物幫上有文檔就這一問題進行分析和探討，幫助有需要的人最快熟悉和掌握引物設計的技巧。你可以找到，看一下。生
（Compatible With Sense/Anti-sense Primer）。另外還可改變選擇區域（Search Ranges），引物長度（Primer Length），選擇方式（Search Mode），參數選擇（Search Parameters）等等。研究人員可根據自己的需要設定各項參數。如果沒有特殊要求，建議使用默認設置。然後按“OK”，隨之出現的 Search Progress 窗口中顯示 Search Completed 時，再按“OK” ，
怎樣在用primer premier 5.0設計PCR引物時加入酶切位點 首頁 問題 全部問題 經濟金融 企業管理 法律法規 社會民生 科學教育 健康生活 體育運動 文化
這時搜索結果以表格的形式出現，有三種顯示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，
這個用primer5是計算不出來的，把引物放在NCBI上做一個primer blast，可以搜索到引物擴增產物的序列和長度
成對顯示(Pairs)。
設計好後，點左上角的“edit”，再點“copy”，然後選擇正向引物或反向引物，點擊後就已經複製到剪切板裏了。然後打開word、txt或者exel文件，直接ctrl+V粘貼即可。 ————————————————————————save to database是存入了PP5自己的數據庫中。就像這樣：
默認顯示為成對方式，並按優劣次序（Rating）排列，滿分為 100，即各指標都能達標，如圖所示。
打開primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特異序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers，Pairs—— 設定Sense primer和Antisense primer的範圍及PCR產物大小範圍——設定引物長度（primer length）——Automatic——OK——Search com。
點擊其中一對引物，如第 1#引物，並把上述窗口挪開或退出，顯示 Peimer Premier 主窗口，如圖所示。該圖分三部分，最上面是圖示 PCR 模板及產物位置，中間是所選的上下游引物的一些性質，最下面是四種重要指標的分析，包括髮夾結構（Hairpin），二聚體（Dimer），錯誤引發情況（False Priming），及上下游引物之間二聚體形成情況（Cross Dimer）。
oligo最新版本是 oligo7 很好用 pp6 oligo7貌似都得算號器安裝吧 不麻煩的
當所分析的引物有這四種結構的形成可能時，按鈕由“None”變成“Found” ，點擊該按鈕，在左下角的窗口中就會出現該結構的形成情況。一對理想的引物應當不存在任何一種上述結構，因此最好的情況是最下面的分析欄有“Found” ，只有 “None”。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火温度，可參考應用。有時需要對引物進行修飾編輯，如在 5’端加入酶切點，可點擊“Edit Primers”，然後修改引物序列。若要回到搜索結果中，則點擊“Results”按鈕。
引物設計有3 條基本原則：首先引物與模板的序列要緊密互補，其次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或髮夾結構，再次引物不能在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配)。引物設計應注意如下要點： 1 引物的長度一般為15-30 bp，常用的是18-2
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哪種PCR引物設計軟件好用啊？
oligo最新版本是 oligo7 很好用
pp6 oligo7貌似都得算號器安裝吧 不麻煩的追問pp6與oligo7哪個設計引物好一點呀，我有oligo7，但下載的pp6沒安裝上追答我以前一直用的pp5設計檢測引物，pp5的搜索功能很強大
用oligo6在固定位置設計引物，oligo系列的分析能力很強大 界面也很直觀
但是到oligo7發佈 徹底拋棄pp系列了 oligo7的搜索功能有很大改進 界面卻很顛覆，相對之前的版本，需要適應適應。
聽説pp系列能連接ncbi數據庫進行引物特異性分析 倒是沒用過 不知道oligo系列有沒有這個功能
都是相當好的軟件，各有特色 對於普通用户 更多是習慣問題
用primer premier 5.0設計引物時怎麼消除二聚體
你不能通過軟件使可能形成二聚體的引物不形成二聚體，只能重新設計別引物
如何用Primer Premier5 檢驗已有引物啊？
引物設計有3 條基本原則：首先引物與模板的序列要緊密互補，其次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或髮夾結構，再次引物不能在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配)。引物設計應注意如下要點：
1 引物的長度一般為15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不應大於38，因為過長會導致其延伸温度大於74℃，不適於Taq DNA 聚合酶進行反應。
2 引物序列在模板內應當沒有相似性較高，尤其是3’端相似性較高的序列，否則容易導致錯配。引物3’端出現3 個以上的連續鹼基，如GGG 或CCC，也會使錯誤引發概率增加[2]。
3 引物3’端的末位鹼基對Taq 酶的DNA 合成效率有較大的影響。不同的末位鹼基在錯配位置導致不同的擴增效率，末位鹼基為A 的錯配效率明顯高於其他3 個鹼基，因此應當避免在引物的3’端使用鹼基A[3][4]。另外，引物二聚體或髮夾結構也可能導致PCR 反應失敗。5’端序列對PCR 影響不太大，因此常用來引進修飾位點或標記物[2]。
4 引物序列的GC 含量一般為40-60%，過高或過低都不利於引發反應。上下游引物的GC含量不能相差太大。
5 引物所對應模板位置序列的Tm 值在72℃左右可使復性條件最佳。Tm 值的計算有多種方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo 軟件中使用的是最鄰近法(the nearest neighbor method)。
6 ∆G 值是指DNA 雙鏈形成所需的自由能，該值反映了雙鏈結構內部鹼基對的相對穩定性。應當選用3’端∆G 值較低（絕對值不超過9），而5’端和中間∆G 值相對較高的引物。引物的3’端的∆G 值過高，容易在錯配位點形成雙鏈結構並引發DNA 聚合反應[6]。
7 引物二聚體及髮夾結構的能值過高（超過4.5kcal/mol）易導致產生引物二聚體帶，並且降低引物有效濃度而使PCR 反應不能正常進行[8]。
8 對引物的修飾一般是在5’端增加酶切位點，應根據下一步實驗中要插入PCR 產物的載體的e69da5e887aae799bee5baa6e997aee7ad9431333262346436相應序列而確定。
參考資料：http://www.biox.cn/content/20050513/13048.htm
誰會用primer premier6.0設計引物啊。具體步驟{最好有截圖}一步一步。有幫助的話，我再獎勵50分。拜託。
手頭百的電腦沒裝。。。如果沒記錯的話 new sequence---DNA sequence---as it is---research primer---設置引度物位置範圍和產專物長度----出來打分的引物---edit裏面點copy 然後屬出來粘貼上
如何用 primer premier5 設計簡併引物，可否給個詳細流程。謝謝
用什麼軟件設計都一樣啊 只是要找到保守區域而已吧
