1、概念不同：數據庫工程師是從事管理和維護數據庫管理系統(DBMS) 的相關工作人員的統稱，屬於運維工程師的一個分支，主要負責業務數據庫從設計、測試到部署交付的全生命週期管理；
而數據庫系統工程師是指具有工程師的實際工作能力和業務水平，能參與應用信息系統的規劃、設計、構建、運行和管理，並按照用户需求，設計、建立、運行、維護高質量的數據庫和數據倉庫的相關專業人員。
2、等級劃分不同：數據庫工程師本身可分為初級、中級和高級三個等級；而數據庫系統工程師本身並沒有等級之分。
3、考試難度不同：數據庫工程師考試是CCT即全國高等學校非計算機專業學生計算機基礎知識和應用能力等級考試，簡稱高校等考中的四級數據庫工程師；
而數據庫系統工程師考試屬於軟考裏的中級項目，取得中級資格可聘任工程師職務，軟考中級數據庫系統工程師比CCT四級數據庫工程師相對要難一些。
總結
數據庫工程師和數據庫系統工程師在概念、等級劃分以及考試難度等方面都有不同。
