一、性質不同
農商銀行是由轄內農民、農村工商户、企業法人和其他經濟組織共同入股組成的股份制的地方性金融機構
農村信用合作社是經中國人民銀行批准設立、由社員入股組成、實行民主管理、主要為社員提供金融服務的農村合作金融機構。
二、資本規模不同
全國各地都有自己的農村商業銀行，由農村合作銀行改制而來，不同的農商行其資本的構成要素也不一樣。主要的服務對象是其所在地域的農村居民和農村經濟發展。
農村信用合作社則是由農民入股組成，實行入股社員民主管理，主要為入股社員服務的合作金融組織，一般規模都相對較小，屬於區域性的。
三、經營範圍不同
農村商業銀行提供各銀行產品和服務，同時開展金融市場業務及資產管理業務幷包括各種理財業務。
農村信用合作社其主要任務是籌集農村閒散資金，為農業、農民和農村經濟發展提供金融服務。同時，組織和調節農村基金，支持農業生產和農村綜合發展支持各種形式的合作經濟和社員家庭經濟，限制和打擊高利貸。
